Vào ngày Giáng sinh năm 1454, vua Henry đã dần lấy lại cảm giác thật của mình. Những Quý tộc bất trung, những người đã tạo nên chỗ đứng vững chắc trong triều trong suốt triều đại của Henry (quan trọng nhất là Bá tước Warwick và Salisbury) bằng cách ủng hộ gia tộc York thù địch. Trước tiên họ tôn lên làm nhiếp chính, và sau đó tôn lên ngôi vua, bởi vì York là dòng dõi gần Edward III hơn. Điều này có nghĩa rằng York sẽ trở thành người kế thừa của Henry, mặc dù York là lớn tuổi hơn.[15]

Sau một loạt các trận chiến khốc liệt giữa hai nhà Lancaster và York, Henry đã bị lật đổ và bị cầm tù vào ngày 04 tháng 3 năm 1461 bởi người anh em họ của mình, Edward York, người đã trở thành vua của nước Anh với tên hiệu Edward IV. Vào thời điểm này Henry thường xuyên trở nên điên rồ và dường như ông đã cười và ca hát trong khi trận St Albans lần thứ hai nổ ra để giải cứu cho chính ông. Nhưng Edward vẫn có thể chiếm ngôi vua nước Anh, mặc dù ông này không thể bắt tù binh Henry VI và bà hoàng hậu của ông ta, những người này đã chạy trốn đến Scotland. Trong thời gian đầu tiên của triều đại Edward IV, phe Lancaster vẫn tiếp tục kháng cự chủ yếu là dưới sự lãnh đạo của Hoàng hậu Marguerite và những quý tộc vẫn trung thành với bà ở các quận phía Bắc của nước Anh và xứ Wales. Henry VI, người đã được che chở một cách an toàn bởi các đồng minh của nhà Lancaster ở Scotland, Northumberland và Yorkshire, nhưng cuối cùng ông vẫn bị bắt bởi vua Edward trong năm 1465 và sau đó bị giam giữ tại ngục Tháp London.